Dès la rentrée, Komi ne passe pas inaperçue : la beauté si singulière de cette fille et son élégance délicate en font une véritable déesse vénérée de tous ses camarades. Mais en réalité, son mutisme n’a rien de raffiné pour elle : en proie à une terrible anxiété sociale, Komi tente en vain de briser le mur du silence et de communiquer avec les autres… Tadano, son voisin de classe on ne peut plus ordinaire, découvrira son secret et décidera de l’aider dans ses incommensurables efforts pour s’ouvrir aux autres afin de réaliser son rêve : avoir cent amis ! 

Au fil des tomes de Komi cherche ses mots, le lecteur retrace la vie quotidienne de Komi, son enfance et l’augmentation croissante de son trouble dont l’un de ses parents semble également atteint. On y découvre aussi tout l’amour et la communication non verbale mise en œuvre par ses proches pour parvenir à communiquer avec elle et lui conserver un quotidien « normal ». Tadano développera lui aussi les astuces pour mieux comprendre Komi, en devenant parfois « l’interprète » de la jeune fille.